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IBD839. Hours: 45h
Prof. Haydeé Andrade Cunha

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Marcadores microssatélites: características e evolução. Uso de microssatélites em Genética Evolutiva. Escolha dos marcadores. Desenvolvimento de microssatélites a partir de bibliotecas enriquecidas. Análise de dados de microssatélites.

Bibliography
Beerli P, Felsenstein J (2001) Maximum likelihood estimation of a migration matrix and effective population sizes in n subpopulations by using a coalescent approach. PNAS USA 98 (8): 4563-4568.
Belkhir K, Castric V, Bonhomme F (2002) IDENTIX, a software to test for relatedness in a population using permutation methods. Molecular Ecology Notes 2 (4): 611-614
Bloor PA, Barker FS, Watts PC, Noyes HA, Kemp SJ (2001) Microsatellite Libraries by Enrichment. Protocolo disponível em: https://www.genomics.liv.ac.uk/animal/Protocol1.html
Crandall KA (2004) Beyond FST: Analysis of population genetic data for conservation. Cons Genet 5 (5): 585-602
Ellegren H (2004) Microsatellites: simple sequences with complex evolution. Nature Reviews Genetics 5: 435-455
Goldstein DB & Schlötterer C (1999) Microsatellites: evolution and applications. Oxford University Press. 368 pp.
Goudet J (1995) FSTAT (version 1.2): a computer program for calculating F-statistic. J Hered 86: 485-486
Pearse DE, Jones AG (2005) GERUD 2.0: a computer program for the reconstruction of parental genotypes from half-sib progeny arrays with known or unknown parents. Molecular Ecology 5: 708-711
Jones AG, Small CM, Paczolt KA, Ratterman NL (2010) A practical guide to methods of parentage analysis. Molecular Ecology Resources 10:6-30
Kalinowski ST, Taper ML, Marshall TC (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology 16: 1099-1106
Kuhner MK (2006) LAMARC 2.0: maximum likelihood and Bayesian estimation of population parameters. Bioinformatics 22: 768-770
Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (2000) Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155 (2): 945-959
Queller DC, Goodnight KF (1989) Estimating relatedness using genetic-markers. Evolution 43 (2): 258-275
Raymond M. & Rousset F, 1995. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism. J. Heredity, 86:248-249
Whitlock MC, McCauley DE (1999) Indirect measures of gene flow and migration: FST not equal 1/(4Nm+1). Heredity 82: 117-125 Part 2
Wilson GA, Rannala B (2003) Bayesian Inference of Recent Migration Rates Using Multilocus Genotypes. Genetics 163: 1177-1191

IBD803. Hours: 30h
Prof. William Tavares

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1- Introdução aos caracteres complexos e à genética quantitativa.
2 – Bases estatísticas para estudos de caracteres de variação contínua.
3 – Fontes de Variação genética e fenotípica.
4 – Covariância entre parentes.
5 – QTL.
6 – Deriva Genética e Seleção Natural em Caracteres Contínuos.
7 – Correlação entre caracteres, integração fenotípica e modularidade.

Bibliography
Hartl, D. L. 2010. Princípios de Genética de Populações. Artmed, Rio de Janeiro.
Klingenberg, C. P. 2013. Cranial integration and modularity: Insights into evolution and development from morphometric data. Hystrix 24:43–58.
Lynch, M. 1998. Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer Associates, Incorporated Publishers, Oxford.
Melo, D., A. Porto, J. M. Cheverud, and G. Marroig. 2016. Modularity: Genes, Development, and Evolution. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 47:annurev-ecolsys-121415-032409.
Pigliucci, M. 2003. Phenotypic integration: studying the ecology and evolution of complex phenotypes. Ecol. Lett. 6:265–272.
Steppan, S. J., P. C. Phillips, and D. Houle. 2002. Comparative quantitative genetics: evolution of the G matrix. Trends Ecol. Evol. 17:320–327.

IBD837. Hours: 75h
Prof. José Ricardo Miras Mermudes

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Biogeografia descritiva, interpretativa (ecológica e histórica); Biogeografia Histórica; Filogenética – Dispersionista, Regra de progressão e derivação de Hennig, Áreas Ancestrais; Áreas de Endemismo; Biogeografia Vicariante; Panbiogeografia; Biogeografia Cladística: Método de Platnick & Nelson (1978); Redução de cladograma de área (Rosen, 1978); Mapas de espécies ancestrais de Wiley (1980, 1981; Métodos baseados em padrões, Análise de componentes (Nelson & Platnick, 1981), Reconciliação de árvores e análise de ajuste (Page 1989; 1993); Análise de parcimônia de Brooks (BPA) (Brooks, 1981; Wilwy, 1987, 1988 a,b; Brooks, 1990); Análise de compatibilidade de componentes (CCA) (Zandee & Roos, 1987; Zandee, 1999); Análise dos três itens (Three-item statements) Nelson & Ladiges (1991 a-d); Nelson & Platnick (1991), Subárvores e paralogia (Nelson & Ladiges, 1995); Métodos baseados em padrões e suas subcategorias ( van Veller, 2000) – Métodos a priori e Métodos a posteriori. Métodos baseados em eventos: análise de dispersão-vicariante Diva (Ronquist 1996, 1997), Métodos Baseados em seqüências (Hovenkamp, 1997) e métodos probabilísticos (Recorder, 2011). Análise de parcimônia de endemismo PAE (Rosen & Smith, 1988). Filogeografia molecular. Evolução espacial de regiões continentais e marinhas. Conservação e o papel da biogeografia histórica.

Bibliography
AVISE, J. C. 2000. Phylogeography: the history and formation of species. Harvard University Press, Cambridge.
BROOKS, D. R., M.G. P. VELLER van & D. A. McLENNAN. 2001. How to do BPA, Really. Journal of Biogeography 28.(3) 345-.
COX, C. B. & P. D. MOORE. 1993. Biogeography: an ecological and evolutionary approach. 5º ed., Blackwell Science, Oxford, 326 p.
CROIZAT, L., G. NELSON & D. E. ROSEN. 1974. Centers of origin and related concepts. Systematic Zoology 23: 265-287.
ESPINOSA, O. D. & B. J. LLORENTE. Fundamentos de Biogeografias Filogenéticas. UNAM/CONABIO, México D. F., 135 p.
GREHAN, J. R. 1991. Panbiogeography 1981-91: development of an earth/liife sysnthesis. Progress in Physical Geography 15 : 331-363.
HUMPHRIES, C. J. & L. R. PARENTI. 1999. Cladistic Biogeography, interpreting patterns of plant and animal distributions. (2º ed. ), Oxford Biogeography series nº 12. Oxford University Press, Oxford.
MORRONE, J. J. 2009. Evolutionary Biogeography. An integrative approach with case studies. New York, Columbia university Press. 301 p.
MYERS, A. A. & P. S. GILLER. 1991. Analytical Biogeography: an integrated approach to the study of animal and plant distribution. Chapman & Hall, London.
PAGE, R. D. M. & M. A. CHARLESTON. 1998. Trees within trees: phylogeny and historical associations. TREE 13 (9): 356-359.
RONQUIST, F. 1996. DIVA, version 1.1. Computer program and manual available by anonymous FTP from Uppsala University (ftp.systbot.uu.se).
RONQUIST, F. 1997. Dispersal-vicariance analysis: a new approach to the quantification of historical biogeography. Systematic Biology 46:195-203.
VELLER, M. G. P. van. 2000. Unveiling vicariant methodologies in vicariance biogeography. Not anything goes. Thesis. Universiteit Leiden. 148 p.
VELLER, M. G. P. van, M. ZANDEE & D. J. KORNET. 1999. Two requeriments for obtaining valid common patterns under different assumptions in vicariance biogeography. Cladistics 15: 393-406.
VELLER, M. G. P. van, D. J. KORNET & M. ZANDEE. 2000. Methods in vicariance biogeography: assessment of the implementations of assumptions zero, 1 and 2. Cladistics 16: 319-345.
VELLER, M. G. P. van & D. R. BROOKS. 2001. When simplicity is not parsimonious: a priori and a posteriori methods in historical biogeography. Journal of Biogeography 28 (1): 1-11.
WILEY, E. O. 1988a. Vicarince biogeography. Annual Review Ecology and Systematic 19: 513-542.
WILEY, E. O. 1988b. Parsimony analysis and vicariance biogeography. Systematic Zoology 37: 271-290.

IBD840 Hours: 45h
Prof. Carla Zilberberg

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Características físicas do ambiente marinho: revisão de conceitos. Introdução aos fatores que regulam a distribuição de organismos marinhos. Introdução ao conceito de metapopulação. Introdução aos diferentes modos de dispersão no mar. Revisão de genética de populações. Revisão das metodologias aplicadas para estudos populacionais no mar. Apresentação de estudos com vertebrados e invertebrados marinhos.

Bibliography

Marine Metapopulations 2006. Kritzer, J.P. e P.F. Sale (eds.), Academic Press, San Diego. pp. 3-28.

Seleção de Artigos científicos (alguns exemplos):

Cowen, R.K. e Sponaug, S. 2009. Larval Dispersal and Marine Population Connectivity. Annual Review of Marine Science. 1: 443-466.

Selkoe, K.A e Toonen, R.J 2011. Marine connectivity: a new look at pelagic larval duration and genetic metrics of dispersal. Marine
Ecology Progress Series 436: 291–305

Jones, G.P., G.R. Russ, P.F. Sale and R.S. Steneck, 2009. Larval connectivity, resilience and the future of coral reefs. Coral Reefs 28: 303-305.

Hepburn, R.I., P.F. Sale, B. Dixon and Daniel D. Heath, 2009. Genetic structure of juvenile cohorts of bicolor damselfish (Stegastes partitus) along the Mesoamerican barrier reef: chaos through time. Coral Reefs 28: 277-288.

IBD805. Hours: 45h
Prof. Paulo Cesar de Paiva

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Amostragem: precisão, acurácia e representatividade da amostragem;
Variabilidade e testes de hipóteses; Tipos de Erros (Tipo I e II);
Correções para testes múltiplos. Avaliando diferenças: comparando dois tratamentos; Avaliando diferenças: comparando vários tratamentos;
Delineamentos fatoriais e hierarquizados; Delineamentos multivariados;
Regressão e análises bivariadas: isometria e alometria; Introdução a análise morfométrica: forma e tamanho; Sobreposição de formas, deformações parciais; Métodos de análise morfométrica.

Bibliography

Elliot, J. M. 1979. Some methods for statistical analysis of samples of benthic of samples of benthic invertebrates. 2. ed. Freshwates Biological Association, Ambleside, 157p.
Keough, M. J. & Quinn, G. P. 2002. Experimental Design and Data Analysis for Biologists Cambridge University Press, Cambridge. 556p.

Julien, C. 2008. Morphometrics with R. Springer Verlag, Berlin. 318 p.

Manly, B. F. 1994. Multivariate Statistical Methods: a Primer. 2nd Ed. Chapman & Hall, Ltd. , London. 220p.

Scheiner, S. M. & Gurevitch, J. 2001. Design and Analysis of Ecological Experiments. Chapman & Hall, New York. 445p.

Sokal, R. R. & Rohlf, F. J. 1995. Biometry. The principle and practice of statistics in biological research , 3rd Ed. W. H. Freeman and Company, New York. 886p.

Underwood, A. J. 1997. Experiments in Ecology: Their logical design and interpretation using analysis of variance. Cambridge University Press, Cambridge, UK. 504p.

Zar, J. H. 1999. Biostatiscal Analysis. 4th Ed. Prentice Hall, New Jersey, 662p.

IBD812. Hours: 60h
Prof. Leila Maria Pessoa

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Conceito de sistemática biológica. Delineamento de unidades evolutivas na natureza. A perspectiva da organização da variação morfológica a partir de processos que ocorrem durante o desenvolvimento. Abordagens quantitativas para a variação.

Bibliography

Alberch, P. 1980 Ontogenesis and morphological differentiation. American Zoology, 20:653-667.

Gould, S. J. 1977 Ontogeny and Phylogeny.

McKinney L & McNamara J. K 1991. Heterochrony The Evolution of Ontogeny, Plenum Press, N. Y.

IBD842. Hours: 30h
Profs. Nelson Ferreira-Jr & Paulo Paiva

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Oferecer aos alunos experiência didático-pedagógica que complemente a sua formação científica. Práticas pedagógicas e aprendizagem em Ciências Biológicas na Educação Superior

IBD838. Hours: 45h
Prof. João Alves Oliveira

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Princípios básicos da amostragem de caracteres morfométricos. Métodos para descrição da variabilidade dentro e entre amostras. Noções de álgebra de matrizes. Bases bivariadas da metodologia multivariada. Análises multivariadas exploratórias. Modelos Alométricos. Análises multivariadas confirmatórias.

IBD801. Hours: 60h
Prof. Daniela Maeda Takiya

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Fundamentos teóricos e práticos sobre métodos ecológicos e evolutivos a partir de hipóteses filogenéticas. Mapeamento de caracteres por parcimônia e verossimilhança. Contrastes filogenéticos para o estudo de variáveis ecológicas. Testes de hipóteses de monofiletismo não-paramétricos e paramétricos. Árvores de consenso e construção de superárvores. Métodos em biogeografia e co-especiação. Métodos de datação molecular.

Bibliography

Avise, J. C. 2006. Evolutionary Pathways in Nature: A Phylogenetic Approach. Cambridge University Press.

Bininda-Emonds, O. R. P. (ed. ) 2004. Phylogenetic supertrees: Combining information to reveal the Tree of Life. Springer.

Brooks, D. R. & D. A. McLennan. 1991. Phylogeny, Ecology, and Behavior: A Research Program in Comparative Biology. University of Chicago Press.

Harvey, P. H. & M. D. Pagel. 1991. The Comparative Method in Evolutionary Biology (Ecology and Evolution). Oxford University Press.

Katinas, L. , P. Posadas & J. V. Crisci. 2003. Historical Biogeography: An Introduction. Harvard University Press.

Page, R. D. M. 2002. Tangled Trees: Phylogeny, Cospeciation, and Coevolution. University of Chicago Press.

IBD823. Hours: 30h
Prof. Marcelo Weksler

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Histórico e filosofia da Filogeografia. Abordagens frequencistas e filogeográficas. Abordagens genealógicas e teoria da Coalescência. Análises filogeográficas estatísticas. Interpretação de redes de Haplótipos. Demografia molecular. Limitações e perspectivas.

Bibliography

Avise, J. C. 2004. Phylogeography.

Beebee, T. e Rowe, G. 2008. Introduction to Molecular Ecology. Oxford University Press.

Cunha, H. & Solé-Cava, A. M. 2009. Filogeografia. Em: Matioli, S. R. Biologia Evolutiva. Holos Editora Freeland, J. R. 2005. Molecular Ecology. John Wiley & sons.

Solé-Cava, A. M. & Cunha, H. 2009. Genética e a conservação da Natureza. Em: Matioli, S. R. Biologia Evolutiva. Holos Editora

IBD846. Hours: 45h
Prof. Ismar Carvalho

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Conceitos gerais: fóssil, icnofóssil, pseudofóssil. Macrofósseis, microfósseis, nanofósseis. Condições para a fossilização Tempo geológico e o tempo antropológico. Datação relativa e datação absoluta. Idade da Terra. Litoestratigrafia, bioestratigrafia, cronoestratigrafia e geocronologia. Ambientes e processos de fossilização. Tafonomia, Fossildiagênese. Aplicações da Paleontologia. Paleoecologia, análise paleoambiental, paleoclimática e paleogeográfica. Tempo e evolução biológica. As transformações históricas na percepção da magnitude do tempo profundo. A tectônica de placas: conceitos gerais. Relevância para os eventos de extinção e evolução. O controle das transformações dos ambientes geológicos nos mecanismos de isolamento geográfico. Ambientes sedimentares: eventos cíclicos, episódicos e catastróficos. O controle no documentário paleontológico. Diversidade biológica ao longo do tempo geológico. Principais grupos fósseis e seu registro temporal. A evolução da litosfera, hidrosfera e atmosfera: conexões com a origem da vida. O registro inicial da vida sobre a Terra. Arqueobactérias, cianobactérias e acritarcas. As biotas do Fanerozoico: eventos ambientais e as conexões com o surgimentos das novidades evolutivas. Bacias sedimentares brasileiras e a distribuição dos jazigos fossilíferos. Bacias intracratônicas e bacias marginais. A importância econômica do estudo dos fósseis.

Bibliography
Carvalho, I.S. 2010. Paleontologia. 3ª ed. Editora Interciência. 3 vol.
Strickberger, M.W. 1996. Evolution. 2nd edition. Jones and Bartlett Publisers, Inc. 670 p.
Wicander, R. & Monroe, J.S. 2000. Historical Geology. Evolution of Earth and Life Through Time. 3rd edition. Brooks Cole Thomson Learning. 580 p.

IBD826. Hours: 45h
Prof. Allan P. M. Santos

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Fundamentos e importância da ilustração científica na área da biodiversidade. Tipos de ilustrações. Ferramentas básicas para produção de desenhos primários manuais. Técnicas básicas para digitalização e produção de desenhos científicos. Programas computacionais para criação de vetores gráficos e para tratamento de imagens. Principais ferramentas e efeitos usados para produção de desenhos científicos. Confecção de pranchas de desenhos.

Bibliography

ALSPACH T. 2010. Illustrator CS5 Bible. Wiley Publishing, Inc.

HODGES, E.R.S. (Editor). 2003. The Guild Handbook of Scientific Illustration. John Wiley & Sons.

WINSTON, J. 1999. Describing species: Practical taxonomic procedure for biologist. Columbia University Press.

Hours: 60h
Prof. Leonardo Ávila

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Aspectos macroevolutivos dos Chordata. Origem e evolução das principais linhagens. Anatomia e fisiologia comparadas. Padrões e processos. A aquisição de importantes caracteres morfológicos associados à grandes eventos geológicos. Extinções e diversificações. A biodiversidade (forma) no tempo e espaço sob um arcabouço filogenético. Principais formas de se estudar macroevolução.

Bibliography

Cracraft. J. & M. Denoghue. 2004. Assembling the Tree of Life. Oxford University Press. Oxford. USA.

Benton, M.J. Vertebrate paleontology. 3 ed. United Kingdom: Blackwell Publishing, 2005. xi + 455 p.

Hildebrand, M. 2006. Análise da Estrutura dos Vertebrados. 2 a Ed., Atheneu Editora São Paulo Ltda. 638 p.

Jarvik, E. Basic structure and evolution of vertebrates. V. 1. London: Academic Press, 1980. xvi + 575 p.

Kardong, K. V. 2011. Vertebrados: Anatomia Comparada, Função e Evolução. 5a ed. São Paulo. Roca.

Liem, K. F.; W.E. Bemis,; W. F. Walker Jr.; L. Grande. 2001. Functional Anatomy of the Vertebrates: an evolutionary perspective. Brooks/Cole-Thomson Learning, Belmont, USA.

Pough, J. H.; C. M. Janis; J. B. Heiser. 2008. A vida dos Vertebrados. 4a ed. São Paulo, Atheneu.

IBD816. Hours: 45h
Prof. Wilson José Eduardo Moreira da Costa

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Componentes intrínsecos para delimitação de espécies entre os conceitos de espécie; perspectiva histórica dos métodos de delimitação de espécies; congruência e aplicabilidade de métodos de delimitação de espécies baseados em caracteres morfológicos e moleculares; diferenças operacionais nos métodos com foco em caracteres e em árvores filogenéticas; relação entre a taxonomia, crise da biodiversidade e métodos de identificação e delimitação de espécies; relação entre biogeografia e a delimitação de espécies.

Bibliography
Davis, J. I. & K. C. Nixon. 1992. Populations, genetic variation, and the delimitation of phylogenetic species. Systematic Biology, 41: 421-435.

Hebert, P. D. N., A. Cywinska, S. L. Ball & J. R. de Waard. 2003. Biological identification through DNA barcodes. Proc. R. Soc. London Ser. B, 270: 313-321.

de Queiroz, K. 2007. Species concepts and species delimitation. Systematic Biology, 56: 879-886.

Mayr E. 1969. Principles of Systematic Zoology. New York: McGraw-Hill Book Co, 428 pp.

Rosen, D.E. 1979. Fishes from the upland and intermontane basins of Guatemala: revisionary studies and comparative biogeography. Bulletin of the American Museum of Natural History, 162: 267-376.

Sites, J. W. Jr & J. C. Marshall. 2003. Delimiting species: a Renaissance issue in systematic biology.Trends in Ecology and Evolution, 18: 462-470.

Sites, J. W. Jr & J. C. Marshall. 2004. Operational criteria for delimiting species. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 35: 199-227.

Templeton AR. 2001. Using phylogeographic analyses of gene trees to test species status and boundaries. Molecular Ecology, 10: 779-91.

Wheeler, Q. D. (ed). 2008. The New Taxonomy. CRC Press, Boca Ranton, 237 pp.

Wheeler, Q. D. & R. Meier (eds.). 2000. Species Concepts and Phylogenetic Theory: A Debate. Columbia University Press, New York, 230 pp.

Wiens, J. J. 2007. Species delimitation: new approaches for discovering diversity. Systematic Biology, 56: 875-878.

Wiens, J. J. & T. A. Penkrot. 2002. Delimiting species using DNA and morphological variation and discordant species limits in spiny lizards (Sceloporus). Systematic Biology, 51: 69-91.

Wiens, J.J. & M.R. Servedio. 2000. Species delimitation in systematics: inferring diagnostic differences between species. Proc. R. Soc. London Ser. B, 267: 631-636.

Williams, D. M. & P. L. Forey (eds.). 2004. Milestones in Systematics. CRC Press, Boca Ranton, 290 pp.

IBD825. Hours: 60h
Prof. Ricardo Moratelli

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Nomenclatura binomial. Desenvolvimento dos códigos de nomenclatura, com especial atenção ao de nomenclatura zoológica. Regras básicas de nomenclatura para algas, fungos, plantas, procariotos, vírus e animais. O futuro dos códigos de nomenclatura. PhyloCode. International Code of Biological Nomenclature. Nova era na nomenclatura e taxonomia. Zoobank. Hipóteses, critérios e progressos em taxonomia.

Bibliography

Frizzell DL. 1933. Terminology of types. American Midland Naturalist 14:637–668.

International Commission on Zoological Nomenclature. 1999. International Code of Zoological Nomenclature. 4a Edição. Londres: International Trust for Zoological Nomenclature.

Winston JE. 1999. Describing species: practical taxonomic procedure for biologists. Nova York: Columbia University Press.

Zhang, Z-Q. 2012. A new era in zoological nomenclature and taxonomy. Zootaxa 3450:8.

IBD809. Hours: 45h
Prof. Claudia Russo

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O que é um artigo científico? Ética e autoria em textos científicos. Estilo científico e estilo de redação: o formato IMRD. Recursos computacionais para otimização do trabalho de redação. Estratégias para redação. Redação de projetos de pesquisa. Redação de teses. Confecção de figuras e tabelas. Referências bibliográficas. Jargão e abreviaturas. A escolha do meio de divulgação. Publicações na internet. O processo de revisão do texto. Lidando com editores e referees.

Bibliography

Matthews, J.R., Bowen, J.M. and Matthews, R.W. 1996. Successful scientifica writing. Cambridge Univ. Press, Cambridge. 177 pp.

Blum, D. Knudson, M., Henig, R.M. 2006. A field guide for Science writers. Oxford University Press, Oxford. 321 pp.

Day, R. and Gastel, B. 2006. How to write and publish a scientific paper. Greenwood Publishing,Philadelphia. 288 pp.

IBD818. Hours: 15h
Prof. Daniela Takiya

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Exposição e discussão críticas de resultados originais obtidos pelos candidatos a mestrado e doutorado e de profissionais das sub-áreas de pesquisa relacionadas à Biodiversidade e à Biologia Evolutiva.

IBD845. Hours: 60h
Profs. Michelle Klautau, Joana Zanol & Daniela Takiya

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Marcadores moleculares, origens da variabilidade e tipos de mutação. Aplicações e metodologias utilizadas em sistemática molecular. Alinhamento de sequências de DNA. Métodos de reconstrução de árvores filogenéticas. Aulas práticas de extração de DNA, PCR, eletroforese, busca de sequências na rede, alinhamento e construção de árvores.

Bibliography
Hall, B.G. 2001. Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To Manual for Molecular Biologists. Sinauer Associates, Inc., U.S.A. 179 pp.

Hillis, D.M., Moritz, C. & Mable, B.K. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Associates, Inc., U.S.A. 655 pp.

Lewin, R. 1997. Patterns in Evolution. The New Molecular View. Scientific American Library, U.S.A. 246 pp.

Matioli, S.R. 2001. Biologia Molecular e Evolução. Holos Editora, Ribeirão Preto, SP. 202 pp.

Nei, M. & Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, U.S.A. 333 pp.

Page, R.D.M. & Holmes, E.C. 2003. Molecular Evolution – A Phylogenecic Approach. Blackwell Science Ltd. 345 pp.

Quicke, D.L.J. 1997. Principles and Techniques of Contemporary Taxonomy. Blackie Academic & Professional, Great Britain. 311 pp.

Schneider, H. 2003. Métodos de Análise Filogenética. Um guia prático. Holos Editora, Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto, SP. 114 pp.

IBD808. Hours: 45h
Prof. Michelle Klautau

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Tampões e preparo de soluções (uso adequado de vidrarias, conversões de medidas, cálculos de molaridade, diluições, cuidados no uso de solventes); pHmetria (princípios básicos, uso adequado do pHmetro, calibragem, teste de funcionalidade do eletrodo); métodos de obtenção de extratos brutos (físicos e químicos); métodos de precipitação (pH, concentração salina, desidratação, solventes orgânicos); centrifugação (parâmetros físicos, equipamentos, metodologia); eletroforese (princípios, tipos de suporte, eletroforese unidimensional e bidimensional, eletroforese em campo pulsado, eletroforese capilar, blots); cromatografia (papel, camada fina, coluna); espectroscopia UV e visível e métodos de dosagem; segurança em laboratório e descarte de material.

Bibliography

Boyer, F. R. Modern Experimental Biochemistry. Benjamin/Cummings, 2a ed., 1993.

Campbell, J. M. & Campbell, J. B. Matemática de Laboratório: aplicações médicas e biológicas. Roca, 3a ed. , 1986.

Collins, C. H. Introdução a Métodos Cromatográficos. Unicamp, Campinas, 1988.

Wilson, K. & Walker, J. Principles and Techniques of Practical Biochemistry. Cambridge, 4a ed. , 1994.

IBD807. Hours: 45h

Prof. José Ricardo Miras Mermudes

História e fundamentos teóricos e práticos do termo e conceito da homologia como a base hierárquica da Biologia Comparada. Critérios lógicos da proposta de homologia. Análise do conceito de arquétipo e a contribuição do Bauplan. Bases pós-darwinianas da sistemática e das classificações filogenéticas com discussão sobre a origem da diversidade biológica. A definição de Homologia dentro da Sistemática Filogenética. O conceito frente aos novos caracteres ultraestruturais, do desenvolvimento embrionário, a continuidade da homologia primária e secundária. O homólogo ausente. Homologia na Biologia Molecular. Homologia e Comportamento. Homologia em plantas. Homologia, forma e função. Homoplasia. Dados morfométricos na inferência filogenética. Codificação de caracteres em análises filogenéticas. Codificação aditiva e não aditiva. Codificação reduzida. Peso de caracteres. Homologia Biogeográfica.

IBD813. Hours: 60h

Prof. Carlos Eduardo Guerra Schrago

Noções de probabilidade e inferência estatística. Modelagem de seqüências biológicas por cadeias de Markov. Método de máxima verossimilhança. Análise filogenética Bayesiana. Quantificação de seleção natural em seqüências biológicas. Datação molecular de tempos de divergência.